杨柳科植物转座因子研究取得重要进展

时间:2018-05-29 来源:未知 作者:超级管理


  转座因子(Transposable Element, TE)又称转座子(transposon)是一类可在基因组不同位置间移动的序列,广泛存在于真核生物基因组中。转座因子在染色体结构、基因组大小、基因组重排、新基因生成和基因表达调控等方面扮演着重要的角色,同时由于转座因子序列的重复性,它们对基因组测序、组装和注释也是巨大的挑战。因此,全基因组范围内精确地鉴定、分类和注释转座因子就变得尤为重要。我院林业所、林木遗传育种国家重点实验室珍贵树种遗传改良课题组以杨柳科三种已完成全基因组测序的植物为对象,综合采用基于结构(signature-based)、基于同源性(similarity-based)和从头(de novo)算法,成功构建了杨柳科植物转座因子数据库SPTEdb(http://genedenovoweb.ticp.net:81/SPTEdb/index.php)。

  从毛果杨(Populustrichocarpa)、胡杨(Populuseuphratica)和簸箕柳(Salix suchowensis)的基因组中分别鉴定出11667、3961和2765种转座因子,并根据其结构特征分类到543、550和528个转座因子家族中。研究者可在SPTEdb上免费获取所有转座因子的序列信息,同时数据库中整合了Blast,HMMER,GetORF和Cut sequence等研究工具,方便用户使用。

  研究论文“SPTEdb: a database for transposable elementsin salicaceous plants”发表在DATABASE期刊上(doi: 10.1093/database/bay024)。博士研究生易飞为第一作者。研究工作得到林木遗传育种国家重点实验室开放课题“杨柳科转座子数据库的构建”(TGB2016003)资助。