实验室采用开放、流动、联合、竞争的运行机制，鼓励新思想、新方法以及交叉学科的发展，充分发挥平台优势，积极创造各种便利条件，公开征集开放课题申请，鼓励国内外从事林木遗传育种研究的科研人员到实验室开展研究。实验室评审委员会按照“公平竞争、择优支持”的原则，经过认真审核和评定，在2011-2015年，共设立开放课题44项，累计经费294万元，已超出同期开放运行费总额的30%。